一般認為B超是一種非侵入性的、對受檢者無損害的檢查，特別是相對於X線、核磁共振等檢查儀器來說，B超對人體是較為安全的。但超聲波畢竟也是一種能量形式，達到一定劑量時受檢者體內會產生生物效應，使發生生物效應的局部細胞受到損害。
國外已經有資料證明B超對胎兒有損害。有專家選擇懷孕7―8周並準備做人流的婦女，按其做b超檢查時間長短分為1分鐘、3分鐘、10分鐘3個組進行對照觀察。結果發現，做B超檢查之前，這些孕婦體內的胚胎髮育都很好;而做了B超檢查以後，除1分鐘的5例無變化外，其餘的胚胎的絨毛髮生了變形，表現細胞排列紊亂，細胞內出現泡狀結構，進一步的發展還可使胎兒畸形或發生流產。很明顯，B超對胚胎照射的時間越長造成的不良影響就越大。
在人體的多數器官中，損傷幾個細胞無關緊要，但如果是損害了生殖細胞或處於發育敏感階段的胚胎，則其後果是嚴重的。所以，孕期做B超儘量不要超過3次。早孕期間做婦產科B超對新生兒有一定影響，而妊娠中晚期做過婦產科B超的新生兒未見不良影響。因此，早孕期的婦產科B超檢查應該謹慎使用。
