不過，任何一種疫苗都有產生不良反應的可能性。甲流疫苗是把甲流病毒接種到最適合它生長的雞胚(也就是民間所說的“毛雞蛋”)裡。憑藉著雞蛋裡的豐富營養，病毒迅速生長繁殖。之後再把這些病毒提取出來，加入滅活劑，使它們失去引發疾病的能力，但仍然保留了刺激人體免疫系統產生抗體的能力，最後再製成可以用於人體的疫苗。
在疫苗製作中，不可避免地會殘留少量雞蛋中的蛋白質，還有可能加入微量有利於疫苗質量穩定的佐劑。這些物質有可能成為過敏源或抗原，引起人體過敏等不良反應。所以，疫苗接種後出現注射部位紅腫、全身皮疹和發熱等反應很正常，幾天後就會自愈。目前，各國接種甲流疫苗的嚴重不良反應極為罕見。
但對雞蛋和硫柳汞過敏的人、以往接種過季節性疫苗併發生過敏反應的人、對硫酸慶大黴素過敏的人和嚴重過敏體質者不宜接種甲流疫苗。還需要提醒的是，接種一定要在指定的接種點或醫療單位進行，千萬不要私自接種。
最近有報道認為，接種甲流疫苗之後兩週內如無特殊情況，儘量不要使用抗病毒藥物。因此，一些正在進行抗病毒治療的乙肝患者對此產生了疑問：他們在抗病毒治療期間能否接種流感疫苗?如果接種疫苗，是否應暫停服用乙肝抗病毒藥物?
對於藥物是否會影響甲流疫苗的免疫效果，目前尚無確鑿的證據。乙肝屬於必須堅持治療的疾病，而流感屬於需要預防的疾病，兩者比較，治療疾病比預防疾病更重要。一旦中斷治療，很可能使肝病加重;還有可能因反覆停藥而導致病毒耐藥。另外，流感病毒屬於核糖核酸(RNA)病毒，乙肝病毒屬於脫氧核糖核酸(DNA)病毒，目前的抗乙肝病毒藥物對流感病毒沒有作用。
所以，正在進行抗病毒治療的慢性乙肝患者千萬不要因為注射甲流疫苗而盲目停藥。但使用干擾素治療的乙肝患者，由於干擾素也有引起發熱等反應的可能性，因此，最好不要在干擾素治療期間注射甲流疫苗，以免加重或增加不良反應發生的風險。
