黃體酮不良反應主要有：突破性出血，或是陰道點狀出血，有的女性會出現體重增加或減少，宮頸鱗柱交界改變，宮頸分泌物性狀改變。
通常還會伴有乳房腫脹，噁心，頭暈。頭痛，倦怠感，發熱，失眠等症狀的出現。對於女性來說有的會導致肝功能異常，通常情況下，對黃體酮或本品中其他成分過敏者;陰道不明原因出血;血栓性靜脈炎、血管栓塞、腦中風或有既往病史者;乳腺腫瘤或生殖器腫瘤患者，等等人群禁止使用該藥。所以建議最好經過專業醫師的診斷後再進行補充。
黃體酮保胎的使用面是很有限的。黃體酮是一種孕激素，對黃體分泌不足、孕酮缺乏引起的先兆流產是有用的。但首先必須弄清楚是否缺乏黃體酮。是否缺乏，可通過化驗證實，也可通過測量基礎體溫的辦法來了解。的確屬於黃體功能不足者，為了受孕可從基礎體溫上升的3-4天注射黃體酮，並不間斷使用9-10周，直到母體可自然分泌孕酮為止。在孕酮缺乏的正常情況下使用黃體酮不會帶來危險。
