一、藥物治療
採用藥物來對抗或抑制卵巢的週期性內分泌刺激。最初是用睪丸酮類的雄性激素，副作用較大，而且效力亦不夠強，已逐漸摒棄不用。後來則逐漸發展成了假孕療法及假絕經療法。
1、假孕療法：是用強力的孕激素避孕藥物，以更大的劑量不間斷地長期服用，使得月經停止來潮，子宮內膜及異位的子宮內膜在藥物作用下發生類似妊娠的反應，所以又叫假孕療法。用於這種療法的藥物很多，並且還在發展，口服的主要有安宮黃體酮、普維拉、內美通等，肌注的有己酸孕酮。這種療法至少要持續六個月，才可以使異位內膜停止活動，最後發生萎縮，從而產生療效。
2、假絕經療法：20世紀70～80年代，國外主要是使用一種叫丹那唑的藥物，它是一種雄激素的衍生物，效果較好，我國目前也正在使用，但它有比較大的副作用。從20世紀80年代開始，國外則廣泛使用一種叫戈舍瑞林的藥物，它主要是能非常強烈地抑制卵巢的功能，使其幾乎完全失去作用，從而達到治療目的，而且由於這種藥物是一種長效緩釋製劑，只需一個月皮下注射一次，非常方便。這類藥物能使子宮內膜產生類似絕經婦女的萎縮現象，故稱假絕經療法。
二、手術療法
一般認為卵巢上發生的巧克力囊腫，病變體積往往較大，或發生在其他部位的子宮內膜異位結節，體積在2釐米直徑以上者，即不易用藥物控制，而需要手術治療;或者經過六個月甚至一年的藥物治療，病情仍不見好轉，也應考慮手術切除。如果病人年輕，沒有子女，手術時一般只將內膜異位的病變切除，而將子宮和正常卵巢組織保留下來。稱為保守性手術。這種手術保留了生育的可能性，但復發機會較大。如已有子女且病人年齡較大(35)，可以在切除內膜異位病變的同時，切除子宮，但保留正常的卵巢組織。此法從長遠看來，效果優於保守性手術，但不能絕對防止復發。如果病人年近絕經期，或內膜異位病變過於廣泛，難於徹底根除，則在手術時應將子宮卵巢一同切除。
