一、經血逆流，內膜種植。月經期，經血從宮口、陰道排出人體外是順流而下，但是有小部分經血或因其他原因夾雜著脫落的子宮內膜碎片，由輸卵管道流進入腹腔，種植在盆腔臟器的表層形成子宮內膜異位病灶，這是子宮內膜異位症的形成主要原因。
二、漿膜上皮，化生內膜。人體在胚胎髮育時期，卵巢表面上皮、腹膜、陰道直腸膈、臍部均由體腔上皮化生而來，這些組織在性腺激素、炎症、機械因素的刺激下能夠轉化，形成另一種組織，同樣可以化生為子宮內膜，因為不在宮腔，就成了異位的內膜。
三、血液淋巴，良性轉移。這是一種較為罕見的發病原因。出現在肺部、腦膜、心包、四肢及其他遠端的子宮內膜異位症，是通過血液循環或淋巴系統將子宮內膜碎屑轉移停留在某臟器或組織上而發病。
