1、B超檢查：
內膜樣囊腫聲象圖呈顆粒狀細小回聲。如囊液粘稠，內部漂浮有內膜碎片時易與畸胎內脂肪中含有毛髮的回聲特點相似即為液內見小細光帶，呈平行虛線狀分佈。有時內部見分隔將其分成數個大小不等的囊腔各個囊腔之間回聲不致，常與子宮粘連，而兩者邊界不清。
2、X線檢查：
可做單獨盆腔充氣造影、盆腔充氣造影及子宮輸卵管碘油造影和單獨子宮輸卵管造影。多數內異症患者有內生殖器官的粘連及與腸曲粘連異位內膜最易種植於子宮直腸陷凹，故粘連的內生殖器易發生於子宮直腸陷凹，使之變淺，尤其在盆腔充氣造影側位片顯示更明顯。
輸卵管卵巢可形成粘連團塊，在充拍片或在充氣造影顯示更清楚。碘油子宮輸卵管造影可保持通暢或通而欠暢。
3、腹腔鏡：
為診斷內異症的有效方法。鏡檢所見最新鮮的種植灶呈黃色小水泡;生物活性最強的為大焰狀出血灶;多數散在病灶融合成咖啡色斑塊並向深部植入;
骶韌帶增粗、硬化、縮短;盆底腹膜疤痕形成，使子宮直腸窩變淺;卵巢種植灶多起於卵巢遊離緣及其背側，最初為肉芽狀灶漸漸向卵巢皮質發展，形成巧克力囊，表面呈灰蘭色，多為雙側，相互連粘，倒向子宮直腸窩，與子宮、直腸及周圍組織廣泛粘連。
