1、B超檢查：目前B超顯像是輔助診斷內異症的有效方法。內膜樣囊腫聲象圖呈顆粒狀細小回聲，如囊液粘稠，內部漂浮有內膜碎片時，易與畸胎瘤內脂肪中含有毛髮的回聲特點相似，有時內部見分隔，將其分成數個大小不等的囊腔，各個囊腔之間回聲不一致，常與子宮粘連，而兩者邊界不清。
2、腹腔鏡檢查：腹腔鏡檢查是目前診斷子宮內膜異位症的主要方法。腹腔鏡可以直接窺視盆腔，見到異位灶可明確診斷，且可根據檢查所見進行分期，便於決定治療方案。
3、 X線檢查：可做單獨盆腔充氣造影、盆腔充氣造影及子宮輸卵管碘油造影和單獨子宮輸卵管造影，多數內異症患者有內生殖器官的粘連及與腸曲粘連。異位內膜最易種植於子宮直腸陷凹，故粘連的內生殖器易發生於子宮直腸陷凹，使之變淺，尤其在盆腔充氣造影側位片顯示更明顯。輸卵管卵巢可形成粘連團塊，在充拍片或在充氣造影顯示更清楚。
