(一)西藥治療
1、目前對四環素、強力黴素、紅黴素已有不少菌株產生耐藥。新一代合成抗菌藥喹諾酮類，不但對衣原體、支原體有效，對淋球菌也高度敏感。
2、磺胺、利福平對衣原體有效，對支原體無效。
3、慶大黴素、新黴素、多粘菌素對衣原體無效。
4、鏈黴素、壯觀黴素對衣原體無效，對支原體有效。
5、四環素0.5g，4/d，共用7d，改0.25g,4/d，共用14d。
6、強力黴素0.1g，2/d，共用7d。
7、紅黴素硬脂酸鹽0.5g，4/d，共有7d。
8、紅黴素琥珀酸乙酯0.8g，4/d，共用7d。
9、美滿黴素0.2g即刻，0.1g，2/d，共用14d。
(二)中藥治療
針對非淋菌性尿道炎的病因、病機，中藥治療藥物應該以清熱解毒，利溼通淋為主，輔以補腎固本，活血化瘀，扶正祛邪，提高機體免疫力為組方之法，如選用道地優質中草藥精製而成的銀花泌炎靈片等。主治熱淋下焦溼熱證，對尿頻、尿急、尿澀痛、尿短赤、尿淋瀝，尿赤黃、腰痛、腹脹痛等療效顯著。非淋菌性尿道炎泌尿系感染常見致病菌有金葡菌，而由於金葡菌的耐藥率高達62%，使得西藥抗生素以及部分中藥對該菌引起感染的治療束手無策。純天然植物道地取材大複方中成藥，以“清熱解毒之冠”而著稱的道地藥材金銀花為君藥配伍，主要成分共計十味名貴藥材，利用金銀花、半枝蓮、扁蓄、瞿麥、石韋、川木通、車前子、淡竹葉、桑寄生、燈心草的多靶點協同作用，對金葡菌殺菌活性明顯提高，對金葡菌敏感度及抑菌效果更強。其臨床治療金葡菌引起的非淋菌性尿道炎療效更顯著，作用更穩定。
