儘管棉籤是家庭生活中驚顫剛碰到的東西，但是怎麼選購棉籤這個看上去很簡單的問題，還是讓不少人感到困惑。
首先，市場上超市中有各種品牌的清潔棉籤，價格相差不少，有些人可能會貪便宜。據報道，目前市場上確實有一些劣質的棉籤，原料採用類似黑心棉的汙穢的棉花經過漂白製作，為了外觀整齊還加入白乳膠，製作場地根本達不到衛生標準，用這種原料劣質、衛生達不到標準的棉籤擦拭耳道，不但不能起到清潔作用，反而可能導致疾病加重。所以奉勸病家不要在這方面過於節儉，到正規的商店購買信得過的醫用棉籤。
其次，儘管醫用棉籤製作整齊、方便、衛生，但是有些病人的耳道比較狹窄，可能市售的棉籤相對比較粗，使用起來不那麼方便。所以如果可能，可以在多種醫用棉籤中比較選擇棉籤頭比較細的，可能更加合適。細心的病人可能會注意到，耳科醫生進行外耳道清理的時候，很少使用醫用棉籤，多數用卷棉子(一種銅質棉籤棒)自制棉籤。不過對於多數病人來說，這種製作方式稍顯複雜，如果製作不好容易導致外耳道棉花異物，所以並不強烈推薦普通病人使用。有一種補償方式，如果棉籤頭比較粗，耳道比較狹窄，可以適當去掉一部分棉花，但是注意不要讓棉籤頭部硬芯外露，以免清潔時導致意外損傷，也要注意不要導致棉籤頭鬆動，造成外耳道棉花異物。
