目前預防脊髓灰質炎有兩種疫苗：口服脊髓灰質炎減毒活疫苗(OPV)和脊髓灰質炎滅活疫苗(IPV)。前者俗稱糖丸，由政府提供免費接種;後者需要自費接種，對於口服糖丸有禁忌症、免疫缺陷症、接受免疫抑制劑治療、患過肛周膿腫的寶寶，建議選擇後者。
糖丸是由活的、但致病力降低的病毒製成，由於是活苗，糖丸裡的病毒都是有活性的，因此免疫效果比較好，質量也容易控制，對於正常的孩子沒有風險。
但是對於免疫系統比較弱或是有缺陷的孩子，活苗就有可能導致本來健康的寶寶反而得上由疫苗引起的小兒麻痺症，導致孩子終身殘疾。因此在選擇口服糖丸時需詳細瞭解其禁忌症。
脊髓灰質炎滅活疫苗，是通過先進的滅活工藝使病毒完全被殺死，同時保持其抗原性，具有安全性好的優勢。滅活疫苗和糖丸相比最大的優勢，就是大大減少疫苗相關性麻痺事件的發生，被世界衛生組織稱為“最安全的疫苗之一”。
為了減少疫苗相關麻痺病例發生的風險，專家建議，寶寶出生後2足月、3足月分別接種注射脊灰滅活疫苗，4足月和4週歲接種口服脊灰減毒疫苗，或者按程序2足月、3足月、4足月和18足月全程接種脊灰滅活疫苗。
