1.可分原發性和繼發性兩種，原發性腸套疊發生於無病理變化的腸管，多發生於小兒。小兒腸蠕動活躍，在添加輔食的年齡，可因腸蠕動紊亂而發生腸套疊。小兒的上呼吸道或胃腸道感染，常合併腸繫膜淋巴結的腫大，也可能影響腸管的正常蠕動而致腸套疊。成人的腸套疊多發生在有病變的腸管，如良性或惡性腫瘤、息肉、結核、粘連以及梅克爾憩室，可影響腸管的正常蠕動，成為腸套疊的誘發因素。有時腸蛔蟲症、痙攣性腸梗阻也是發病因素。腺病毒感染與發病有關，在感染時迴腸遠端呈較顯著的肥大和腫脹而作為套疊的起點。少數小兒的腸套疊有明顯的機械因素，如梅克爾憩室、息肉、腫瘤、腸壁血腫(如過敏性紫癜)等作為誘因而成為套疊起點。
2.胃腸道的任何部位均可發生腸套疊，根據套疊的部分可以分為空腸套空腸、空腸套迴腸、迴腸套迴腸、迴腸套盲腸、迴腸套結腸、結腸套結腸(偶見乙狀結腸套入直腸)等，其中以迴腸套盲腸，即回盲型最常見;小腸套小腸即小腸型較少見;結腸套結腸或稱結腸型很少見。空腸上端逆行套入胃內，更為罕見。被套入的腸段進入鞘部後，其頂點可繼續沿腸管推進，腸繫膜也被牽入，腸繫膜血管受壓迫，造成局部循環障礙，逐漸發生腸管水腫，腸腔阻塞，套入的腸段被絞窄而壞死，鞘部則擴張呈缺血性壞死，甚至穿孔而導致腹膜炎。
