1、引起肝功能異常最常見的原因是各種病毒性肝炎、脂肪肝、肝硬化、肝癌等。這一類患者要定期檢查肝功能。
2、膽道阻塞，如結石、腫瘤、蛔蟲等使膽汁淤積，如時間過長，可因滯留的膽汁對肝細胞的損害作用和肝內擴張的膽管對血竇壓迫造成肝缺血，引起肝細胞變性和壞死，也是引起肝功能異常的原因。
3、化學藥品中毒往往可破壞肝細胞的酶系統，引起代謝障礙，或使氧化磷酸化過程受到抑制，ATP生成減少，導致肝細胞變性壞死，導致肝功能異常;有些藥物，如氯丙嗪、對氨柳酸、異煙肼、某些碘胺藥物和抗菌素，即使治療劑量就可以引起少數人的肝臟損害，是最常見的一過性的肝功能異常的原因，這可能與過敏有關，一般停藥後幾天內肝功能就可以恢復。
4、感染寄生蟲如血吸蟲、華枝睪吸蟲、阿米巴、鉤端螺旋體、細菌、病毒均可造成肝臟損害;其中尤以病毒最常見。如肝包蟲病、肝細菌感染、乙型肝炎等，也是導致肝功能異常的原因。
5、血液循環障礙，如慢性心力衰竭時，引起肝淤血和缺氧，也是肝功能異常的原因之一。
