如果孕媽年齡在35歲以上，曾經懷有或曾經產下缺陷胎兒，或有任何家族遺傳病史，醫生可能會建議在懷孕11-12周進行絨毛穿刺。絨毛穿刺進行的時間比羊膜穿刺早，如果母體血清經檢驗後，風險偏高，就會進行此項檢查，以確認胎兒染色體異常的可能性。若是普通正常健康的準媽媽，則沒有必要進行絨毛穿刺。
絨毛穿刺一般安排在11-14周進行。絨毛穿刺進行的時間比羊膜穿刺要早，如果絨毛穿刺早於懷孕10周內實施，會導致某些胎兒肢體異常，為了避免此風險，會在11周後才實施絨毛穿刺。一般做完檢查的2周以內就可以得到答案。一般而言，人工流產手術最好在14周內進行，否則會對母體不好。所以，如果發現胎兒有重大的遺傳疾病，通過絨毛穿刺能夠在短時間內診斷，及早做流產手術，母體危險性降到最低。如果絨毛穿刺取樣結果為正常，也不代表百分之百會生出健康的胎兒，因為人類肢體先天的缺陷佔了2%-3%，這部分都不在絨毛穿刺的檢驗之內。
