一般來講，探親避孕藥的副作用較少，發生率也低，常見的副作用有以下4方面：
1、類早孕反應
有少數婦女服藥後可引起噁心、嘔吐、頭昏、乏力等類早孕反應。多數人反應較輕，
無須特殊處理;少數反應較重者，可給予維生素B6 10毫克或維生素C100毫克，每天3次。
2、突破性出血
在服藥期間出現的陰道流血稱為突破性出血，可能是由於雌激素量過低或雌激素和孕激素之間的比例失調，使子宮內膜部分脫落所致。這時可用炔雌醇治療，每天晚上服0。015毫克，每天1-2次，連服3天。如突破性出血發生在月經週期的後半期，可口服短效避孕藥1號或2號，每晚1次，每次1-2片，連服4-5天。
3、對月經影響
少數婦女服用探親避孕藥後可能使月經週期延長或閉經。有月經週期延長者，可服甲地孕酮25毫克及炔雌醇0。015毫克，有催經作用。如用藥後出現閉經，可口服短效避孕藥2號，每次2片，每天2次，連服3天，停藥後月經即會來潮。也可用氯 酚胺治療。多數婦女月經會按時來潮，也有一部分婦女月經提前或延遲。如果月經延遲1周，應該做尿妊娠試驗，以明確是否是緊急避孕失敗。
4、對哺乳影響
哺乳期婦女服藥後可使乳汁分泌有所減少。
