甲胎蛋白檢測在16-20周進行，是一種無危險的血樣檢查，測定血液中甲胎蛋白水平，可發現神經缺損，唐氏綜合徵、腎臟和肝臟疾病等。甲胎蛋白檢測算是一種輔助性檢查，數據可以用來參考，但不能完全確診，需要根據數據再作進一步檢查。建議每個準媽媽最好都做甲胎蛋白檢查，因為這項檢查對準媽媽來說很重要，可以篩查胎兒一些主要的異常，再確定是否需要做羊膜腔穿刺術。
檢測甲胎蛋白的方法有好幾種，放射免疫法測得的甲胎蛋白大於甲胎蛋白500微克/升、且持續4周者，或甲胎蛋白在200～500微克/升、持續8周者，在排除其它引起甲胎蛋白增高的因素如急、慢性肝炎、肝炎後肝硬化、胚胎瘤、消化道癌症後，需再結合定位檢查，如B超、CT、磁共振(MRI)和肝血管造影等即可作出診斷。不過，正常懷孕的婦女、少數肝炎和肝硬化、生殖腺惡性腫瘤等情況下甲胎蛋白也會升高，但升高的幅度不如肝癌那樣高。肝硬化病人血清甲胎蛋白濃度多在25～200微克/升之間，一般在2 個月內隨病情的好轉而下降，多數不會超過2個月;同時伴有轉氨酶升高，當轉氨酶下降後甲胎蛋白也隨之下降，血清甲胎蛋白濃度常與轉氨酶呈平行關係。如果甲胎蛋白濃度在 500 微克/升以上，雖有轉氨酶升高，但肝癌的可能性大，轉氨酶下降或穩定，而甲胎蛋白上升，也應高度懷疑肝癌。甲胎蛋白在肝癌出現症狀之前的8個月就已經升高，此時大多數肝癌病人仍無明顯症狀，腫瘤也較小，這部分患者經過手術治療後，預後可得到明顯改善，故肝硬化、慢性肝炎病人、家族中有肝癌患者的人應半年檢測一次。
