方法一：
雙向瓊脂擴散法：1970年以前主要用雙向瓊脂擴散法，其陽性率雖不高，但診斷原發性肝癌的特異性卻較大。不過隨著檢測方法的不斷改進和完善，雙向瓊脂擴散法檢測甲胎蛋白的方法準確性已經不能滿足需求。
方法二：
放射免疫法：現在，測甲胎蛋白一般通過抽血檢查，最常用的檢測方法就是放射免疫法。這個方法檢測的甲胎蛋白正常值為0—25μg/L，如果超過25μg/L則為陽性，如果在25-400μg/L之間為低濃度陽性，超過400μg/L即為高濃度陽性。如果檢查出陽性，則需要進一步做綜合檢查，結合定位檢查如B超、CT、磁共振(MRI)和肝血管造影等作出診斷確定是否為肝癌疾病。
此外，如果孕婦甲胎蛋白檢測數據偏高，這還很可能意味著胎兒有缺陷，這時候必須要再結合臨床經驗、B超結果進行更全面的診斷。
方法三：
化學發光法：化學發光法也是檢測甲胎蛋白的常用方法之一，其因操作簡單、靈敏度高、特異性強等優點在臨床上被廣泛應用。另外，化學發光法相對於放射免疫法，其在測定上大大縮短了放映時間，而且沒有放射性汙染，滿足臨床需求。
方法四：
其他方法：甲胎蛋白檢查，目前常用的方法還有酶標法、酶標電泳法檢測。一般認為，這些方法檢查後得出的數值，>400毫微克/毫升、>200毫微克/毫升，持續8周，而谷丙轉氨酶正常，並排除妊娠和生殖腺胚胎瘤，可以確診為原發性肝癌。
