木質砧板的安全性與被切割的食物種類、清洗次數及方法有關;木質砧板並不適合用來剝切每一種食物，雖然它們的外表很漂亮，卻可能吸收食物上的汁液，而讓這些食物的渣子很容易就藏入其中，這麼一來，木質砧板便會變成細菌滋生的園地。但如果你已運用了木砧板，你還是有辦法讓它變成安全的剝切工具。
欲使砧板不易吸收食物的汁液，首先要在木質表面抹油，但不要使用蔬菜油，因為可食用的油如玉米油、大豆油、橄欖油及油菜籽油等都會腐臭而影響食物衛生;應該使用不可食的油品，如礦物油，另一種產品叫做“砧板油”，是專為木質砧板特製的塗抹油。
每次使用砧板之後，特別是剝切過肉品，砧板必須徹底清洗乾淨，最起碼要用很熱的水加上清潔劑來洗;為了確保砧板表面無菌，可使用溫和的中性殺菌劑，如加水稀釋漂白劑(美國農業部USDA建議以一茶匙漂白劑溶於約0.95公升的水中)，然後再衝洗乾淨。
如果你只用一塊木質砧板來剁切各種食物，問題會更大，所以能夠的話，最好是肉類單獨使用一塊砧板;不管如何，您要記住：砧板髒，所處理出來的食物就不乾淨。所以肉類與非肉類食物要分別使用不同的砧板，並採用正確的砧板清洗步驟，這樣您就能降低食物間交叉汙染的可能性了。
