抗-HAVIgM：甲型肝炎特異性抗體-(抗-HAVIgM)出現早，一般在發病數日即可檢出，黃疸期達到高峰，1～2月抗體滴度下降，3～4月大部分消失。是甲型肝炎早期診斷的重要指標。常用方法有酶聯免疫吸附試驗(ELISA)和固相放射免疫試驗(SPRIA)，其靈敏度高，特異性強。為急性肝炎患者檢測的常規項目。類風溼因子陽性標本可出現抗-HAVIgM假陽性，應引起注意。
抗-HAVIgG：當急性甲型肝炎患者出現症狀時，血清中即可檢出抗-HAVIgG，初期滴度低，以後逐漸升高，病後3月達高峰，1年內維持較高水平，低水平在血中可維持數十年甚至終身。如雙份血清的抗-HAVIgG滴度，恢復期血清有4倍以上增高，可診斷甲型肝炎。常因患者就診較晚，採不到早期血清，也得不到抗體滴度增長4倍的結果，所以臨床上基本不用此診斷方法。抗-HAVIgG主用於檢測人群免疫水平流行病學調查。
HAV-RNA利用克隆的HAVcDNA片段製成探針，採用cDNA-RNA分子雜交技術可檢測甲型肝炎急性期血清和糞便中的HAV-RNA.自從聚合酶鏈反應(PCR)應用於臨床以來，提供了檢測HAV-RNA更敏感的方法。用逆轉錄PCR(RT-PCR)法，先用逆轉錄酶將HAV-RNA轉為cDNA，然後再進行PCR檢測。HAV-RNA陽性，為HAV急性感染的直接證據。
