1.一般性狀檢查
(1)顏色：根據觀察所見報告：黃色，褐色，灰白色，綠色，紅色，柏油樣等。
(2)性狀：可報告為軟，硬，糊狀，液狀等。
(3)寄生蟲蟲體：蛔蟲，蟯蟲，絛蟲節片等較大蟲體，肉眼即可分辨，鉤蟲蟲需將糞便沖洗過篩後方可看到，服用驅蟲劑後排便時應立即檢查有無蟲體，驅絛蟲後應立即細尋找有無蟲頭。
2.直接塗片鏡檢
(1)潔淨玻片上加生理鹽水1-2滴，選擇糞便的異常部分，或挑取糞便的不同部位製成塗片，塗片的厚度以能透過印刷物字跡為準。
(2)先用低倍鏡觀察全片，再轉用高倍鏡鑑別。
(3)如發現可疑包囊，則在該塗片上加一滴碘液，在高倍鏡下仔細辨認。
(4)蟲卵的報告方式：未找到者註明“未檢出蟲卵”，找到則用每低倍視野計數其量。
(5)應注意糞便中有無紅細胞，白細胞，嗜酸性粒細胞(塗片幹後瑞氏染色)上皮細胞，巨噬細胞等。
(6)應注意夏科-雷登結晶，常見於腸道潰瘍，尤以阿米巴感染糞便中最易檢出，過敏性腹瀉及鈞蟲患者糞便中亦可見到。
(7)注意檢查黴菌。
(8)注意肌纖維，結締組織，彈力纖維，澱粉顆粒，脂肪球的大量出現。
