新生兒接種乙型肝炎疫苗越早越好，要求在出生後24 h 內接種。接種部位新生兒為大腿前部外側肌肉內。單用乙型肝炎疫苗阻斷母嬰傳播的保護率為87.8% 。
對HBsAg 陽性母親的新生兒，應在出生後24 h 內儘早注射乙型肝炎免疫球蛋白 (HBIG)，最好在出生後12 h 內，劑量應≥100 IU ，同時在不同部位接種重組酵母乙型肝炎疫苗10μg或中國倉鼠卵母細胞 (CHO) 乙型肝炎疫苗20μg，可顯著提高阻斷母嬰傳播的效果。也可在出生後12 h 內先注射1 針HBIG，1 個月後再注射第2 針HBIG，並同時在不同部位接種一針重組酵母乙型肝炎疫苗10μg或CHO 乙型肝炎疫苗20μg，間隔1 和6 個月分別接種第2 和第3 針乙型肝炎疫苗 (各10μg 重組酵母或20μg CHO 乙型肝炎疫苗)。後者不如前者方便，但其保護率高於前者。新生兒在出生12 h 內注射HBIG 和乙型肝炎疫苗後，可接受HBsAg 陽性母親的哺乳。
對HBsAg 陰性母親的新生兒可用5μg 重組酵母或10μg CHO 乙型肝炎疫苗免疫;對新生兒時期未接種乙型肝炎疫苗的兒童應進行補種，劑量為5μg 重組酵母或10μg CHO 乙型肝炎疫苗。對免疫功能低下或無應答者，應增加疫苗的接種劑量和針次;對3 針免疫程序無應答者可再接種3 針，並於第2次接種3 針乙型肝炎疫苗後1～2 個月檢測血清中抗-HBs。
接種乙型肝炎疫苗後有抗體應答者的保護效果一般至少可持續12 年，因此，一般人群不需要進行抗-HBs 監測或加強免疫。但對高危人群可進行抗-HBs 監測，如抗-HBs<10 mIU/ml ，可給予加強免疫。
