接種乙肝疫苗是預防HBV感染的最有效方法。乙肝疫苗接種的主要對象是新生兒，其次是嬰幼兒、15歲以下未接種者和高危人群（如醫務人員、經常接觸血液的人、在託兒所工作的人、器官移植患者、經常接受輸血或血液製品的人、免疫力低下的人、易受外傷的人、HBsAg陽性者的家庭成員、男男性行為者或多個性夥伴、靜脈注射毒品的人）。乙型肝炎疫苗需要全程接種）。按照0、1和6個月的程序，整個療程需要接種三劑乙肝疫苗，即在第一次接種後，每隔1個月和6個月接種第二和第三劑。新生兒的乙肝疫苗需要在出生後24小時內接種，越早越好。新生兒的接種部位是臀部前側肌肉內，兒童和成人的接種部位是上臂三角肌中部肌肉內。
HBsAg陰性母親的新生兒可接種5微克或10微克酵母或10微克CHO乙肝疫苗；新生兒時未接種乙肝疫苗的兒童應接種5微克或10微克重組酵母或10微克CHO乙肝疫苗的補種劑量；對於成年人，建議接種20微克酵母或20微克CHO乙肝疫苗。對於免疫力低下或無反應者，應增加疫苗劑量（如60μg）和接種次數；對3劑免疫程序無反應者可再接種3劑，並在第二次3劑乙肝疫苗接種後1至2個月檢測血清中的抗HBs；如果仍無反應，可接種1劑60μg重組酵母乙肝疫苗。
對於有抗體反應的人來說，接種乙肝疫苗的保護作用一般至少持續12年；因此，一般人群不需要進行抗HBs監測或加強免疫。但是，對於高危人群可以進行抗-HBs監測，如果抗-HBs<10 mIU/mL，可以進行加強免疫。
