（a）呼吸道併發症 支氣管肺炎是嬰兒和兒童的常見併發症。它常常發生在痙攣性咳嗽階段。由百日咳桿菌引起的肺部病變主要是間質性肺炎。然而，它們往往是由繼發性細菌感染引起的。也有由痙攣性咳嗽引起的吸入性肺炎。這時體溫可能升高。痙攣性咳嗽變得不典型。但呼吸困難。發紺。肺部的溼性附加音更加突出。如果支氣管被粘液阻塞。可引起肺氣腫；完全阻塞可引起無氣症；如果肺泡破裂可引起氣胸。縱隔氣腫或皮下氣腫；如果支氣管粘膜和肺間質破壞。可導致以後的支氣管擴張。
（b）神經系統併發症表現為百日咳腦病。這是由於腦組織缺氧造成的。充血。顱內出血。由腦細胞的損傷和細菌毒素引起。最常見於幼童。有意識障礙。驚厥等。腦脊液大多沒有變化。
（三）結核病的惡化 本病可使現有的結核病惡化。甚至可能引起血源性傳播。本病可引起粟粒性肺結核或結核性腦膜炎的發生。
（四）其他舌韌帶潰瘍，由於舌韌帶被下切牙擦傷。由於劇烈咳嗽時腹壓增加。可導致臍疝。腹股溝疝。直腸脫垂等。
