非淋菌性尿道炎雖然症狀較淋病為輕，但危害並不比淋病輕。由於症狀較輕，很多患者失去了治療的最佳時期，從而使治療非常困難，本病尤其在女性中症狀極其輕微，而女性感染者由於症狀輕微往往不予治療，增加了本病傳播的機會。本病除引起尿道炎之外，在女性約一半以上的患者有合併症，如子宮內膜炎、輸卵管炎、宮外孕、不育症和流產。
非淋的病原體主要是沙眼衣原體和解脲支原體(即分解尿素支原體)。衣原體和支原體是不被大家認識的病原體。沙眼衣原體引起的疾病較多，如沙眼、性病性淋巴肉芽腫等，但沙眼衣原體可分為18個血清型，不同的血清型可引起不同的疾病。支原體是比衣原體還要小的病原體，除引起生殖道的感染外，還可引起肺炎。在致病微生物中，細菌較衣原體大，衣原體較支原體大，而支原體又較病毒大。所以說衣原體和支原體是間乎於細菌和病毒之間的微生物。
沙眼衣原體是一類在細胞內寄生的微生物，大小約250-450nm。衣原體不耐熱，在室溫下迅速喪失其傳染性，加溫至50℃，30分鐘即可將其殺死。但是衣原體耐寒，-70℃下能存活數年。四環素、紅黴素、氯黴素對它有抑制作用，而鏈黴素、新黴素對它則無效。常用的消毒劑如 0.1%甲醛、0.5%石炭酸可將衣原體迅速滅活。
支原體是最小的能獨立生活的原核生物。能引起人類疾病的支原體稱為人類支原體。支原體大小為200nm，它沒有堅硬的細胞壁結構，因而在形態上呈現多形性。人類至少是11種支原體的自然宿主，而5種支原體(肺炎支原體、人型支原體、解脲支原體、生殖道支原體和隱匿支原體)對人類有致病性。人的生殖道支原體病是由人型支原體、生殖道支原體和解脲支原體引起的。支原體比細菌對外界環境的抵抗力較弱，45℃15分鐘即被殺死，對肥皂、酒精、膽鹽、四環素、紅黴素、卡那黴素等敏感。由於青黴素的作用是抑制細菌的細胞壁合成，所以青黴素對支原體是無效的。
