1、月經不調：內異症患者常有月經週期縮短、經量增多或經期延長等現象，說明患者有卵巢功能障礙表現。月經不調可作診斷參考，但在鑑別診斷中並無價值。
2、痛經：內異症的臨床特徵為漸進性痛經，是常見而突出的特徵，多為繼發性，即自發生內膜異位開始，患者訴說以往月經來潮時並無疼痛，而從某一個時期開始出現痛經，可發生在月經前、月經時及月經後。有的痛經較重難忍，需要臥床休息或用藥止痛，甚至痛得“滾 炕”或撞頭，疼痛常隨著月經週期而加重，月經結束而消失，但國內報道有21%約無痛經。
3、性交痛：當存在於陰道穹窿部異位子宮內膜結節、直腸凹陷結節或粘連，或卵巢粘連在盆底時，均可產生性交痛。闊韌帶後葉病灶纖維化增生及收縮明顯時，可以外源性壓迫輸尿管，使其狹窄阻塞，亦可能出現泌尿系統症狀，嚴重的可發生輸尿管積水或腎盂積水。
4、不孕：約有50%左右內異症患者伴有不孕，在不明原因不孕患者中，約30-40%患內異症。內異症患有不孕，常因病變造成盆腔腫塊、粘連、輸卵管堵塞卵泡發育不好或排卵障礙等因素引起;而一旦懷孕則異位內膜受到抑制而萎縮，對內異症起到很好的治療，習慣性流產病例中有部分為子宮內膜異位症所致。
