(1)保留生育功能手術：切淨和破壞異位內膜病灶，但保留子宮、雙側或單側卵巢，至少保留部分卵巢組織。適用於年輕有生育要求的患者，特別是採用藥物治療無效者。該術式術後複發率約40%。術後儘早妊娠或加用藥物治療有助於降低複發率。目前多數學者建議術後使用GnRHa三個療程，月經恢復後即開始試孕。關於GnRHa的作用機理及副作用詳見子宮腺肌病章節。
(2)保留卵巢功能手術：又稱為半根治術，是將盆腔內病灶及子宮予以切除，保留至少一側卵巢或部分卵巢以維持卵巢的內分泌功能。適用於年齡在45歲以下且無生育要求的重症患者。該術式術後複發率約5%。
(3)根治性手術：
1)去勢手術：切除雙側附件二保留子宮的手術。雙側卵巢切除後，無激素作用，異位內膜自性萎縮退化消失。適用於近絕經期、症狀明顯而子宮和宮頸正常的患者，也適用於結腸、乳腺惡性腫瘤術後子宮、宮頸正常，但患有盆腔異位症而有症狀的患者。此手術通常應在腹腔鏡下完成，開腹手術多不考慮此術式。
2)全子宮、雙附件及盆腔所有異位病灶切除術：適用於45歲以上、盆腔粘連嚴重的的患者。
(4)緩解疼痛的手術：可行宮骶神經切除術和骶前神經離斷術，適用於有盆腔中央疼痛嚴重而藥物治療無效旳患者。近期疼痛緩解率較高，但複發率達50%。
