一般羊水檢查不需要空腹，但最好上午就去，因為掛號之後不能馬上做穿刺，需要做一些檢查，比如測體溫、聽胎心、B超等，以確定胎盤位置、胎兒情況、羊水情況等。檢查之後就可以決定是否實施穿刺。羊水穿刺步驟如下：具有適應症的孕婦先做B超，確定胎盤位置、胎兒情況、避免誤傷胎盤。選好進針點後，消毒皮膚，鋪消毒巾，局部麻醉，用帶針心的腰穿針在選好的點處垂直刺人;針穿過腹壁和子宮壁時有兩次落空感，取出針心;用2毫升注射器抽吸羊水2毫升，棄去，此段羊水明確可能含母體細胞;再用20毫升空針抽吸羊水20毫升，分別裝在2支消毒試管內，加蓋;取出針頭，蓋消毒紗布，壓迫—分鐘，孕婦臥床休息2小時。
羊水穿刺畢竟是介入性診斷，存在著一定風險，但孕婦也沒必要過度擔心。國際上認可的羊水穿刺的風險比率低於0.5%，在瀋陽市婦嬰醫院，每年要進行接近400例羊水穿刺診斷，幾乎沒有孕婦因為羊水穿刺而引發流產、感染等危險後果。羊水穿刺基本是沒有痛苦的，因為針頭較細，和普通的肌肉注射疼痛程度相似，甚至更輕些。由於所有的操作都是在超聲的嚴密監視下進行，胎兒的每一個部位都可以看得清清楚楚，不必擔心穿刺針會傷及胎兒。臍血穿刺和羊水穿刺的道理一樣，只是位置不同。
醫生最擔心的是父母都很健康，但在受孕時，染色體發生突變，造成先天性疾病，如唇顎裂、唐氏綜合徵等。在市婦嬰醫院，高度懷疑胎兒染色體異常的孕婦中，只有六成能夠接受實施抽取羊水檢測染色體。
