有胎心後胎停的原因之內分泌失調
胚胎早期發育的時候需要三個重要的激素水平，雌激素，孕激素，人絨毛膜促性腺激素。作為母體來講，自身的內源性激素不足，就滿足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流產。其中最常見的是黃體功能不良，影響受精卵的種植，或早期妊娠流產。
有胎心後胎停的原因之免疫因素
一是自身免疫因素，母胎間的免疫不適應可能引起母體對胎兒的排斥。其二是生殖免疫因素，如果我們自身帶某種抗體，就有可能影響胚胎的發育。抗精子抗體、抗子宮內膜抗體、抗卵巢抗體、抗絨毛膜促性腺激素抗體四種抗體的存在均會對胚胎的發育造成不良影響。
有胎心後胎停的原因之子宮異常
子宮的內環境和子宮整體的環境也有可能對胚胎有影響。內環境就是子宮內膜，如果太薄、太厚都會影響著床。先天性苗勒氏管的異常，宮腔粘連阻礙正常蛻膜化和胎盤種植，子宮肌瘤及子宮內膜異位症引起妊娠的失敗，先天性或損傷性宮頸內口鬆弛以及胎內接受乙烯雌酚治療致宮頸發育異均會致中期妊娠流產。
有胎心後胎停的原因之染色體問題
如果染色體異常的話也會導致胚胎不發育而致早期流產。目前的研究認為染色體間配對、互換和分離形成配子，配子結合形成合子。如果其中的合子有異常的，則導致不能正常發育，可導致流產、死胎、死產、畸形兒，故而，需做產前診斷，以防止染色體患兒出生。
有胎心後胎停的原因之生殖道感染
除以上各種因素外，妊娠早期嚴重的TDRCH感染也很可能會引起胚胎死亡或流產，較輕感染亦可引起胚胎畸形。
有胎心後胎停的原因之環境因素
在發育初期，胚胎對治療藥物和環境因素的影響極為敏感，此時各種有害因素都可導致胚胎的損傷、甚至丟失。不良生活習慣如吸菸、酗酒、咖啡、毒品、某些藥物等均影響早期胚胎髮育。
