1、遺傳因素：相關研究顯示，遺傳因素是導致孩子自閉症的主要原因。單卵雙生兒自閉症的一致性為90%以上，雙卵一致性為24%。本症患兒的同胞患自閉症較正常人高3～4倍，提示本症與遺傳因素相關。20%的小兒自閉症者中，他的家族可找到有智能不足、語言發展遲滯和類似小兒自閉症的。此外，小兒自閉症男童中約10%有染色體脆弱症。
2、認知缺陷因素：有人提出了認知功能與社會功能相關的學說，認為心理認知缺陷損害了自閉症患兒對他人精神狀態的理解能力，導致社會交往能力的缺乏，甚至對待人就像對待無生命的物體，常錯誤理解別人有意識的行為。
3、腦器質性損害：如產傷、宮內窒息、中毒、感染等，14%～50%的患兒伴癲癇發作、腦電圖異常、腦CT、磁共振有非特異性改變。有的伴有神經系統體徵、軀體畸形等。先天性風疹病毒感染、鉅細胞病毒感染均可能與自閉症發病有關。這些先天性的損傷會對孩子的未來產生非常大的影響，通常都是不利的。
4、神經內分泌和神經遞質：兒童行為與神經遞質密切相關。有研究資料認為中樞神經系統5-羥色胺和或多巴胺活性下降。伴有下丘腦功能障礙則可產生自閉症。也有認為本症表現孤獨、與別人建立不起感情等症狀是因腦內啡呔類物質的神經遞質作用異常所致。自閉症患兒普遍表現為語言能力和認知能力等方面的發育障礙，不敢與他人視線進行接觸，既不表露感情，也不理解感情，對每一件事都非常執著等。
