1.配黃連：吳茱萸溫中散寒，下氣止痛，降逆止嘔，殺蟲;黃連苦寒瀉火，直折上炎之火勢;吳茱萸辛散溫通，開鬱散結，除逆止嘔。二藥伍用，有辛開苦降反佐之妙用，以黃連之苦寒瀉肝經橫逆之火，以和胃降逆，佐以吳茱萸之辛熱，同類相求，引熱下行，以防邪火格拒之所應，共奏清肝和胃制酸之效，以治寒熱錯雜諸證。
2.配黨參：吳茱萸辛苦而溫，芳香而燥，入肝脾胃經，有良好的暖肝開鬱、溫脾燥溼、除逆止痛的作用，黨參具補氣和中之功，二藥相配應用，溫中寓補，功專散寒補虛，既可暖肝，又可暖脾，用於嘔逆、吞酸、胃痛、吐利。本對藥目前常用於慢性胃炎、慢性腸炎、腸功能紊亂、神經性頭痛、美尼爾氏證。
3.配五味子：本品辛苦大熱，既能人中焦溫胃暖脾、散寒燥溼，又可走下焦暖肝溫腎而療寒疝寒瀉，對於腎陽虧虛、脾失溫煦、不能健運所致的洩瀉，用之甚宜;五味子酸溫，有益腎收澀之功，與吳茱英同用，能助其止瀉之效。二藥配對，一偏治本，一偏治標，有較佳的溫斂固澀之功，可用於脾腎兩虛、五更洩瀉之證。
4.配當歸：吳茱萸辛苦大熱，能溫中散寒，燥溼止嘔，疏肝止痛，還能溫肝腎而暖胞宮，治療血寒經閉、行經不暢及腹痛等;當歸味甘而重，辛而氣輕，補血之中又能行血。二藥合用，吳茱萸溫散、當歸行血以助之;當歸溫補、吳茱萸溫經以行之。相輔相助，溫經治血、調經止痛功甚著。
5.配木瓜：本品辛開苦降，專走下焦，溫經散寒，疏肝解鬱，行氣止痛;木瓜和胃化溼，舒筋活絡。兩藥合用，一散一收，和胃化溼、舒筋活絡、溫中止痛效強，主治寒溼困脾、霍亂吐瀉轉筋，或下肢痠軟無力、疝氣腹痛。
