下面以長效干擾素派羅欣為例，詳細介紹干擾素常見的不良反應。
第一，感冒樣症狀(發生率：70%～80%)
發燒症狀通常在注射第1針後的24小時內出現發燒症狀，體溫可達38℃~39℃;1周後打第2針時已有所減輕：再過1周打第3針時發燒症狀已經減輕或者消失了。如果存在發熱症狀，可對症治療，服用解熱鎮痛藥即可。全身肌肉痠痛打第1針後的24小時內出現全身肌肉痠痛症狀，直到第3針後症狀減輕。可服用止痛片來緩解不適。
臨床上將“發熱症狀”和“全身肌肉痠痛”共同稱為感冒樣症狀。產生感冒樣症狀的原因，醫學研究人員認為是干擾素調動了人體的免疫系統參與對乙肝病毒的“戰鬥”，身體反應激烈所致。
第二，白細胞、血小板減少(發生率：70%～80%)
白細胞和血小板減少，通常在第3針後所做的血常規檢查中可發現。患者大多數無自覺症狀，少數人會出現牙齦出血、頭暈、乏力等症狀。針對白細胞和血小板減少，醫生會給予升白細胞藥物和升血小板藥物。嚴重者可用促白細胞生長的藥物。
導致白細胞和血小板減少的原因還不明，專家分析可能與使用干擾素後血液成分在主要臟器和外周血中分佈不一有關。有一個現象也許可以證明這一假設。因為其他原因的白細胞和血小板減少症者，其發生細菌感染的概率比常人要大，而使用干擾素導致的血小板和白細胞減少者，治療期間很少發生細菌性感染，說明這些患者體內白細胞總數可能沒有減少。
第三，稀疏性脫髮(發生率：20%～30%)
使用長效干擾素1個月到半年期間，患者會有稀疏性脫髮現象。隨著治療時間的延長，脫髮現象可慢慢減少，並且有新生頭髮逐漸長出。這是一種原因不明的脫髮現象，且不需治療，停藥後頭發就可重新長出。顧及個人形象者，可以戴假髮來度過這段治療期。
警惕治療中的兩個疑惑
1.部分患者治療過程中ALT升高
在治療過程的早期，丙氨酸轉氨酶(ALT)在原有基礎上不降反升，可視為干擾素提高人體免疫力，個體免疫功能增強的表現，這種情況下，乙肝病毒被清除得更好，這時不用做甚麼處理。不過，極個別人如果同時出現黃疸，則需停1～2針進一步觀察。
2.部分患者治療結束後反而ALT升高
這種現象的出現可以視為長效干擾素在體內作用力的延續，它繼續激發人體免疫系統。通常不用做處理ALT會恢復。
但如果存在以下情況，則應區別對待。患者本身有脂肪肝或者合併感染了其他類型的病毒性肝炎，也會導致ALT升高。對症處理後，ALT也可恢復正常。
不良反應多為何還要用干擾素?
乙肝抗病毒治療分三個階段目標：第一階段是達到HBV DNA轉陰、肝功能恢復正常;第二個階段是使代表病毒複製活躍程度的e抗原出現血清轉換(相當於e抗原轉陰，e抗體出現)，當出現e抗原血清轉換後，意味著可以考慮停藥了：第三個階段是表面抗原(HBsAg)轉陰。
在抗病毒藥物中，長效干擾素e抗原血清轉換率最高(40%左右)，停藥後複發率低，且有5%左右的表面抗原轉陰的概率，這是目前抗病毒藥物中比例最高的。如果醫生選擇了適應症準確的患者使用長效干擾素，那麼更容易達到第二甚至第三階段目標。
由於長效干擾素在治療效果上有突出表現，相對於其治療過程中發生的可逆轉的不良反應，其治療收益顯然更大，所以患者應該堅持下去。
