1.流感樣症候群：表現為發熱、寒戰、全身不適，肌痛、頭痛等，有時還可出現鼻塞、流涕、頭暈、尿急等，而以發熱最為常見。不論應用途徑及劑量大小，患者均可有發熱，一般在第一次注射後2-6小時發生，體溫可升至38~40℃，6-12小時達到高峰，但24小時內均能自然消退。若發熱不高，可不必特殊處理，38℃者多喝開水，臥床休息，但若發熱較高甚或高燒者，可以給予溫水擦浴等物理降溫， 也可以睡前注射干擾素或者同時服用解熱鎮痛藥。
2.一過性骨髓抑制：主要有外周血白細胞(中性粒細胞)及血小板數量減少;白細胞減少通常發生於使用後數小時至數日。使用第一週，白細胞減少至40%-60%，而後趨於穩定。停藥或間歇5天以上使用，白細胞可迅速恢復。主要是干擾素能可逆性地阻斷白細胞從骨髓釋放的緣故。長期應用極少見的人可出現血色素性貧血，引起免疫介導的溶血性貧血和血小板減少。通常可口服養血飲、複方阿膠漿等來糾正，亦可服利血生、鯊肝醇等藥以升高白細胞及血小板。 如果中性粒細胞絕對計數≤1.0×109/L、血小板<50×109/L,應該減少劑量，一至二週後複查如血細胞恢復，藥物劑量也可復原。如中性粒細胞≤0.75×109 /L，血小板≤30×109 /L，應該停藥。
3.精神異常：可以表現為壓抑、妄想症、重度焦慮、等精神病症狀。因此應用干擾素之前要評估患者的精神狀況，治療過程也要密切加以觀察。抗壓抑藥物可以緩解此類不良反應，但對症狀嚴重者，應該及時停藥。
4.消化系統反應：如食慾不振、味覺異常、噁心、嘔吐、洩瀉、腹脹等。藥量越大，症狀越頻繁，但一般不需治療，較重者可對症處理。嚴重者應考慮減量或停藥。
5.皮膚反應：使用超過4個月者部分人可有輕、中度脫髮，一般停藥後可有恢復，偶有停藥後更嚴重者。斑丘疹多發生於軀幹和四肢，但多為暫時性的;還有發生潛在特異性反應，表現為瀰漫性紅斑及蕁麻疹等。 輕度皮疹多呈自限性，不必處理;嚴重者應考慮停藥或減量，並給抗過敏治療。
6.腎臟損害：最常見者為輕度蛋白尿，少有>0.1克/日，亦不伴有血漿蛋白的減少。其他腎臟損害雖有報道但極少見。通常無需特殊處理，囑患者多喝開水即可。
7.對內分泌系統的影響：11-羥皮質類固醇增加，雌激素水平下降，高密度脂蛋白降低，出現糖尿，偶見高血鉀、低血鈣等症，還能提高血漿甘油三酯含量，但對膽固醇無影響。女性患者17b雌二醇、黃體激素的減低和延遲 ，會使月經週期延長，停藥後可恢復。
8.抗干擾素抗體的產生：部分患者治療初期甚至未應用干擾素時即出現抗干擾素抗體，影響治療效果。估計與個體差異有關，而與應用劑量、給藥途徑、時間長短及患者年齡無明顯關係。 有人換用不同的基因型製劑，減少干擾素抗體的產生，而提高干擾素療效。
9.干擾素誘導產生自身抗體和自身免疫性疾病：包括甲狀腺抗體、抗核抗體和抗胰島素抗體。多數情況下無明顯臨床症狀，部分患者可出現甲狀腺功能低下或者亢進、糖尿病、血小板減少、銀屑病、白斑、類風溼關節炎、系統性紅斑狼瘡樣綜合症等，嚴重者要停藥。
此外，尚可對心血管、骨髓系統的影響和對生長的抑制等，都應該作出相應的對症處理，甚至停藥。
