鹼性磷酸酶偏高的原因最為突出的就是肝膽疾病，像阻塞性黃疸、原發性肝癌、繼發性肝癌、膽汁淤積性肝炎等是鹼性磷酸酶偏高的原因。
另外，人體由於骨組織中此酶亦很活躍，因此，孕婦、骨折癒合期、骨軟化症。佝僂病、骨細胞癌、骨質疏鬆等也是鹼性磷酸酶偏高的原因。
除了上述鹼性磷酸酶偏高的原因之外，患者白血病、甲狀腺機能亢進亦也可導致鹼性磷酸酶偏高。
還有一種鹼性磷酸酶偏高的原因是非病理性的，在孕婦正常妊娠3個月後，由於胎盤長大，血清鹼性磷酸酶水平到升高2~4倍，至產後3周才恢復正常，以及兒童及青少年骨骼發育的時候鹼性磷酸酶也是可以明顯偏高的，這兩種情況都是正常現象。
