絨毛穿刺可能會出現陰道出血、羊水溢出或子宮持續性收縮，約佔2%的孕婦會發生這種情況。另外，絨毛穿刺術後和孕中期羊膜腔穿刺術後的流產率的隨機對照研究，發現前者稍高，3%左右。但是，有一個隨機對照實驗對經腹CVS術和孕中期羊膜腔穿刺術後的流產率比較後發現，兩者接近(6.3%與7%)。
絨毛穿刺術會導致較高几率的畸胎的發生，現已確認的發育不良(即畸胎)主要有胎兒先天性腎積水、先天性心臟病、先天性腸道畸形。
絨毛取樣的危險損傷胎兒肢體的危險要高一些，若絨毛取樣的診斷不明確，有必要作羊膜囊穿刺確診。
除此之外，還有較高的機會引發胎兒後期的發育不良，目前確定的發育不良有：先天性腎積水、先天性心臟病、先天性腸道畸形等。這些不良症狀往往於孕中期大排畸的時候才會被超聲發現，再加上絨毛手術醫院與常規產檢醫院往往不一致，因此很難跟蹤及理清責任。
