可能會出現陰道出血、羊水溢出或子宮持續性收縮，約佔2%的孕婦會發生。絨毛穿刺術後和孕中期羊膜腔穿刺術後的流產率的隨機對照研究，發現前者稍高，3%左右4。但是，有一個隨機對照實驗對經腹CVS術和孕中期羊膜腔穿刺術後的流產率比較後發現，兩者接近(6.3%與7%)
絨毛取樣的危險損傷胎兒肢體的危險要高一些，若絨毛取樣的診斷不明確，有必要作羊膜囊穿刺確診。
絨毛組織活檢比羊水穿刺做遺傳方面的診斷一般來說早大約2個月，多在妊娠7～9周進行檢查。由於絨毛組織活檢在早孕期就可以做，假如結果不正常，就可以在妊娠3個月內及時地終止妊娠，此時終止妊娠也較為輕易。該操縱可經陰道也可經腹部取絨毛做檢查。操縱本身，孕婦並無甚麼痛苦，只是個別孕婦由於操縱的刺激可能發生流產，或有時操縱引起創傷等危險，醫生需要十分留意，在不斷地改進操縱的情況下，這些危險會逐漸地減少。由於絨毛組織活檢能較早、較方便地進行檢查，結果又可靠，目前，已經運用於臨床。在很多的國家及我國的很多的醫院作為常用的產前診斷的一種手段。
