輸血可能會感染到傳染病,包括艾滋病、肝炎、瘧疾、乙型腦炎、出血熱和未知的病毒等。如果輸血不當輸血也可能發生傳染性肝炎、血色病、同族免疫反應;輸入體內的鐵很難排出,積存的鐵以含鐵血黃素的形式沉積在體內,如影響心、肝、胰的功能時,即成血色病等。
還會有相關性急性肺損傷的風險,主要發生在多次接受輸血的患者中,是因為輸血引起的致命免疫反應,主要原因和致病機理目前並不清楚,如果患者接受不同血型的輸血則發病率會明顯升高。同時也可能會破壞到免疫系統。輸入血液是異體細胞,因此可能會觸發受血患者的自身免疫系統,使得發生排斥反應的概率增加。但是臨床上也有發現,輸血導致患者免疫系統被抑制,令病人變得虛弱,無法抵禦手術後的感染和原來處於不活躍狀態的病毒導致肺炎、感染、心臟病和中風的概率上升。