治療習慣性流產應以預防為主，在受孕前，男女雙方都應到醫院做仔細的檢查，包括生殖器檢查及必要的化驗。有條件的可做染色體檢查，如能找到原因，針對原因進行治療。已經妊娠者也要按照醫生的指導針對原因進行不同的安胎處理。
中醫認為本病多屬腎氣不足，衝任不固所致，宜在未孕之前補腎健脾，固氣養血，進行調治。具體的方藥可用補腎固衝丸。每次6-10克，一日三次，月經期停服，以2個月為一個療程，可服1-3個療程。
對於子宮內口鬆弛所致之妊娠晚期習慣性流產，一般在妊娠16-22周即採取子宮內口縫扎術，維持妊娠至後期甚至足月。具體注意事項如下：
1、孕婦在流產後切忌惱怒、擔憂或受到驚嚇，丈夫應多安撫，但不要在短期內有性生活。
2、應上醫院檢查，聽從醫生建議，不可自己亂用藥。
3、再次懷孕時要禁重體力勞動，尤其避免屏氣、提舉重物、用力大便，使腹內壓增高而發生流產;忌大溫大補;妊娠早期禁止接觸X線、超聲波、放射性同位素，絕對避免用此類設備對腹部進行檢查，以防胎兒發生畸形而流產。
4、孕婦應儘量避免到流行性感冒、傷寒、肺炎等流行病區活動，也不應去人群擁擠的公共場所，以減少受感染機會;不要主動或被動吸菸;不接觸寵物;不吸入煤氣。
