大部份流感嗜血桿菌都是機會性感染細菌，即它們會在寄主體內生存而不引起任何疾病，但當某一些因素(如病毒感染或免疫力下降)出現後則會引發病症。流感嗜血桿菌一般有六種菌株，稱為a型、b型(又稱乙型)、c型、d型、e型及f型。
由流感嗜血桿菌自然產生的疾病只會在人類出現。在嬰兒及孩童中，乙型流感嗜血桿菌會引致菌血病症及急性細菌性腦膜炎。偶爾地它會引致蜂窩組織炎、骨髓炎及關節感染。自從1990年開始，美國使用HiB結合型疫苗後，HiB病症的患病率減少至每十萬名兒童有1.3名兒童感染。但是，HiB仍然是發展中國家引致嬰兒及兒童下呼吸道疾病的主因。沒有莢膜的流感嗜血桿菌會引致兒童的耳朵感染(如中耳炎)、眼睛感染(結膜炎)及鼻竇炎，並且聯帶肺炎。
Hib肺炎通常發生於1歲左右兒童。大多數病人發病前有感冒，50%左右早期出現胸腔積液。菌血症和膿胸不常見。大部分受無莢膜菌株感染的成年人產生類似其他細菌性肺炎的支氣管肺炎。
痰液革蘭氏染色示大量小的革蘭氏陰性球杆菌;此種細菌對培養的營養需要較為嚴格且往往寄生在上氣道內，因此培養常出現假陰性和假陽性。
