接種HiB結合型疫苗是一種有效的預防方法，其中某幾種疫苗已經廣為使用。除預防以外，治療主要是病因治療。本菌對磺胺、青黴素、鏈黴素、四環素、氨苄青黴素和氯黴素均敏感，對b型莢膜流感桿菌的急性感染，尤其是腦膜炎、會厭炎，過去均以氨苄青黴素為首選，有的國家報告耐氨苄青黴素的菌株逐年增加，故有人以氯黴素為首選。
提倡用b型流感嗜血桿菌聯合疫苗於嬰兒2、4和6個月時分3次注射。
體重在20kg以下兒童每天按100mg/kg靜脈注射氨苄青黴素，20kg以上兒童和成年人用量為250mg~1g，每6小時1次。另一種辦法是口服羥氨苄青黴素，20kg以下兒童20~40mg/kg,每日3次;20kg以上兒童和成年人250~500mg,每日3次;約30%的流感嗜血桿菌產生β-內酰胺酶且對氨苄西林耐藥。因此，常用的治療方案為：磺胺甲基異囉唑/甲氧苄氨嘧啶(SMX/TMP)兒童每日8mg/40mg/kg,口服或靜脈注射，成人則為口服1~2片(每片為160mg/800mg)，每日2次;頭孢呋辛0.25~1g靜脈注射，每6小時1次;頭孢克羅兒童每日20~40mg/kg,分3次口服，成人500mg口服，每6小時1次;或強力黴素100mg 口服，每日2次(8歲以下兒童忌用)。對非耐藥菌株，在小於20kg兒童可予氨苄青黴素每日100mg/kg，分4次靜脈注射(最大劑量為每日 2~3g)，在大於20kg兒童及成人則為250mg~1g，每6小時1次靜脈注射。尚可使用阿莫西林，對小於20kg兒童，可予20~40mg/kg口服，每日3次;對大於20kg兒童及成人，可予250~500mg,每日3次。氟喹諾酮和阿奇黴素對流感嗜血桿菌亦有抗菌活性。
