禽流感患者多數輕症病例預後良好，且不留後遺症。某些病例病情發展迅速，出現重症肺炎、急性呼吸窘迫綜合徵、肺出血、胸腔積液、全血細胞減少、多臟器功能衰竭、敗血症、休克及Reye綜合徵等多種併發症，可導致死亡。常見併發症包括：
原發性病毒性肺炎：多見於原有心肺疾病的患者，肺部病變以漿液性出血性支氣管炎為主，患者常常因心力衰竭或周圍循環衰竭而死亡。
繼發性細菌性肺炎： 最常見的病原菌是肺炎鏈球菌，金黃色葡萄球菌或流感嗜血桿菌，病人病情逐漸加重，或在暫時的改善後臨床症狀進一步加重，咳嗽，咳膿痰，並且出現肺部實變體徵，X 線發現肺部有片狀和斑片狀陰影。
心肌炎：有報道流感病毒性肺炎可以併發心肌炎。
