治療甲癬為皮膚癬菌病中最頑固難治的一種。可口服、外用藥物，或手術拔甲。手指甲和腳趾甲的生長速度不同，完全替換一個新的指甲，手指甲需要100天，而腳趾甲大約要300天，所以治療灰指甲必須要有耐心。1.手術拔甲適於單發的指甲，局麻下，將患甲拔除。這種方法創面大，出血，易引起感染。手術後一般會感覺較疼痛，容易重新感染復發，臨床現已較少使用。心臟病、高血壓、糖尿病等患者，不宜手術治療。
2.內服藥物適於多個指(趾)甲。如每日口服特比萘芬片250mg，連服6～12周;伊曲康唑400mg/天，連服7天、休息21天為一療程，持續3～6個療程;每週1～2次服氟康唑150mg，連續4月以上。可治癒80%以上的甲癬及甲真菌病。但因為這類藥必須達到真菌所寄生的甲板處才能發揮抗菌作用，用藥量大，用藥時間長，應定期監測藥物不良反應。
3.外用療法根據藥劑不同，主要局部塗藥和封包削治等方法。
(1)使用指甲銼(非專業人士切忌用刀片，以免出血感染其他疾病)將不規則壞甲磨薄，磨甲週期為2天一次為佳;
(2)30%冰醋酸外塗或10%冰醋酸泡病甲，每日1次，持續3～6個月以上。塗藥前若先將病甲削薄，療效更佳。塗甲之前注意用溫和藥膏保護甲周的皮膚;
(3)選用特比萘芬酊、阿莫羅芬甲搽劑、環吡酮胺酮甲塗劑等抗真菌外用藥局部塗抹。
