“爛水果”應該是由微生物入侵導致的。這種水果應立即全部丟掉，沒腐爛的部分也不要再食用。水果經過長時間貯存後通常會遭到微生物的入侵，其中出現頻率最高的是青黴，經過新陳代謝後它會產生展青黴素，這種物質會造成人體的胃腸道功能紊亂、腎臟水腫等病症。當水果發生部分黴變時，只把黴變部位去除後食用未必是安全的，因為展青黴素已經通過果汁擴散到了果實的其他部位。中國預防醫學科學院的調查顯示，黴變蘋果上外觀正常部位的展青黴素含量為黴變部位的10%~50%，所以即使外表看上去仍舊正常的果肉其實已經含有大量有害物質，並不宜食用。
除了微生物引起的損傷外，水果還容易發生碰傷和凍傷。碰傷後果肉容易變軟，顏色加深，這是由於細胞發生了破損，細胞內的物質發生酶促褐變造成的，但並沒有產生有害物質，所以此時食用並不影響健康。但碰傷的水果由於營養物質暴露在外，為微生物的生長提供了良好條件，所以一定要馬上吃掉，否則很容易被青黴侵佔，從而發生黴變。同樣，低溫也會造成一些水果細胞膜破損，凍傷的水果雖然口感和外觀差了一些，但仍然可食用。
