任何手術都是存在風險的。正頜手術的風險包括：麻醉風險。手術失敗風險和術中意外，術後水腫和感染風險，術後復發風險。這些風險的存在是正頜手術受到限制的主要原因。
正頜手術通常採取全身麻醉，麻醉風險主要有麻醉藥物的過敏、中毒反應;麻醉操作所造成的牙齒、口唇、聲帶等的意外損傷;術後聲音嘶啞;嚴重的麻醉意外可以導致呼吸系統和循環系統衰竭，甚至危及生命。經驗豐富的麻醉醫生會在術前向患者進行解釋說明，並儘可能減小麻醉風險的發生。
正畸醫生和正頜醫生之間要有良好的合作。正畸醫生在術前完成牙胎方面的準備，正頜外科醫生在術前經過縝密的測量和模型外科，確定手術最佳方案，加之術中準確輕柔的操作是減少手術失敗風險的惟一辦法。為了減少術後水腫和感染。正頜醫生在術中應最大限度減少手術損傷，縮短手術時間，仔細止血。並用藥物預防和控制術後感染過程醫學教育網蒐集整理。
不能忽略的還有術後復發風險。手術僅僅改變了頜骨的大小位置關係，與之相關的肌肉、舌卻沒有相應發生的變化。這需要患者在術後進行肌肉、舌的自我訓練，使之逐漸適應新的頜骨組織。但這個過程患者往往不能堅持，復發的風險就增加了。另外，未徹底破除口腔不良習慣也是造成復發的重要原因。因此，患者應當聽從正畸醫生這方面的建議和要求，建立自我防復發意識。
綜上所述，雖然手術存在這樣那樣的風險，但現代正頜外科已經發展成為成熟的學科，正畸、正頜和麻醉醫生已經嫻熟掌握了預防風險的技能，為患者樹立了治療成功的信心。
