1、牙頜面畸形（骨性錯頜畸形）的一般治療程序為：術前正畸-正頜手術-術後正畸；術前正畸結束後，由於牙齒的去代償移動，患者的畸形狀態可能看起來較正畸前更加嚴重；
2、術前正畸過程中，根據患者的具體情況，可能需要行拔牙、骨皮質切開、外科輔助快速擴弓、種植支抗等相關手術治療。
3、正頜手術通常需要在全麻下進行，有發生全麻意外的可能。
4、正頜手術術中可能損傷下牙槽神經、頦神經、眶下神經，術後可能出現下唇、頦部及眶下區皮膚麻木感；約90％的患者可以恢復，約10％永久麻木，但只要神經不斷裂，多數在3～6月左右恢復。
5、手術前通常需要一年左右的正畸治療，正頜手術移動頜骨骨塊後，咬合關係暫時不能達到最佳，仍需要半年左右的術後正畸治療調整。
6、正頜手術術區位於上呼吸道周圍，術中創傷及術後創口組織腫脹、出血均可影響上呼吸道，嚴重者可能出現上呼吸道梗阻，需行緊急氣管切開搶救；為保證術後安全，防止呼吸困難，術後通常需要鼻插帶管一天，必要時需進ICU監護。
7、手術需按設計要求將牙骨段移位到新的位置以達到良好的咬合關係，有可能出現牙骨段的供血不足，術後可能出現牙髓壞死、牙鬆動，極罕見出現牙骨段的缺血壞死、脫落或不癒合。
8、正頜手術術中出血較多，可能需要輸血治療。術後短期內也會有少量滲血，若發生明顯出血，可能需要手術探查止血。
9、正頜術後可能仍存在頜面部的輕度畸形狀態，後期需要相應手術治療調整。
10、術中術後可能發生意外骨折，需行鈦板固定及頜間鋼絲結紮固定。
11、正頜術中骨段間的固定需用鈦板鈦釘材料，術後極少數情況下會出現鈦板排異、斷裂的可能；通常術後半年需要手術取出鈦板鈦釘。
12、術後有出現創口感染、延期癒合的可能。
13、目前對於正頜手術與顳下頜關節病的關係醫學上尚無定論，通常術前存在顳下頜關節紊亂病的患者在術後症狀會有改善；但由於正頜術後髁突會出現一定程度的移位，也可能引起局部疼痛、關節彈響、張口受限等顳下頜關節症狀，或使原有的關節紊亂症狀加重，可能需要進一步手術治療。
14、下頜骨手術後退後，可能出現下頜角增寬，影響美觀，需要相應手術治療；下頜骨後退後，咽腔縮窄，術後可能出現打呼嚕等睡眠呼吸阻塞症狀。
15、上頜骨手術上抬後可能引起鼻中隔彎曲、鼻腔阻塞、鼻偏斜畸形，需要手術治療。
16、正頜手術術後2周內流質飲食，1-2周半流質飲食，軟食1月後改普食；術後需要注意保持口腔衛生清潔，並行開口訓練等功能鍛鍊，以及長期隨訪，防止復發。
