肛管炎是長期的糞便刺激和不良的排便習慣引起的，如反覆便秘或反覆腹瀉均會引起肛管部位的炎症。
其病因如下：
一、常見於肛竇炎波及肛管。肛竇底部有能夠分泌液體的肛門腺和肛門腺導管，平時能分泌出粘性液體，潤滑大便和保護直腸肛門。若發生肛竇炎，則炎症有可能波及肛管。
二、異物刺傷或強酸強鹼灼傷肛管均可刺激肛管發炎。
三、痔瘡的感染。痔瘡如內痔脫出，常帶出許多刺激性的粘液，長期的腫物脫出和粘液的刺激，均可造成肛管炎的形成。
四、局部用藥過敏等因素所致。醫學證明，許多不合理的藥物如局部的抗過敏藥物，或是塗抹藥膏過量等均可導致肛管炎的發生。
