衣原體的所致疾病有以下5種：
(一)呼吸道感染：由肺炎衣原體及鸚鵡熱衣原體引起。肺炎衣原體引起急性呼吸道感染，以肺炎多見，也可致氣管炎、咽炎蹬。鸚鵡熱原為野生鳥類及家畜的自然感染，也可經呼吸道傳給人，發生呼吸道感染和肺炎。
(二)性病淋巴肉芽腫：由沙眼衣原體lgv生物變種引起。lgv要通過兩性接觸傳播，是一種性病。男性侵犯腹股溝淋巴結，引起化膿性淋巴結炎和慢性淋巴肉芽腫。女性可侵犯會陰、肛門、直腸，出現會陰～肛門～直腸組織狹窄。
(三)泌尿生殖道感染：經性接觸傳播，由沙眼生物變種d～k血清型引起。男性多表現為尿道炎，不經治療可緩解，但多數轉變成慢性，週期性加重，並可合併副睪炎、直腸炎等。女性能引起尿道炎、宮頸炎等，輸卵管炎是較嚴重併發症。該血清型有時也能引起沙眼衣原體性肺炎。
(四)包涵體包膜炎：由沙眼生物變種d～k血清型引起。包括嬰兒及成人兩種。前者系嬰兒經產道感染，引起急性化膿性結膜炎(包涵體膿漏眼)，不侵犯角膜，能自愈。成人感染可因兩性接觸，經手至眼的的途徑或者來自汙染的游泳池水，引起濾泡性結膜炎又稱游泳池結膜炎。病變類似沙眼，但不出現角膜血管翳，亦無結膜瘢痕形成，一般經數週或數月痊癒，無後遺症。
(五)沙眼：由衣原體沙眼生物變種a、b、ba、c血清型引起。主要經直接或間接接觸傳播，即眼～眼或眼～手～眼的途經傳播。當沙眼衣原體感染眼結膜上皮細胞後，在其中增殖並在胞漿內形成散在型、帽型、桑椹型或填塞型包涵體。該病發病緩慢，早期出現眼瞼結膜急性或亞急性炎症，表現流淚、有粘液膿性分泌物、結膜充血等症狀與體徵。後期移行為慢性，出現結膜瘢痕、眼瞼內翻、倒睫、角膜血管翳引起的角膜損害，以致影響視力，最後導致失明。據統計沙眼居致盲病因的首位。1956年我國學者湯飛凡等人用雞胚卵黃囊接種法，在世界上首次成功地分離出沙眼衣原體，從而促進了有關原體的研究。
