1.抗反流屏障的破壞食管下端括約肌(LES)是在食管與胃交界線之上3～5cm範圍內的高壓區。該處靜息壓為15～30mmHg，構成一個壓力屏障，起著防止胃內容物反流入食管的生理作用。正常人腹內壓增加能通過迷走神經而引起LES收縮反射，使LES壓成倍增加以防GER。LES壓過低和腹內壓增加時不能引起有力的LES收縮反應者，則可導致GER。膽鹼能和β-腎上腺素能激動劑藥、α-腎上腺素能拮抗藥、多巴胺、安定、鈣受體拮抗劑、嗎啡及脂肪、酒精、咖啡因和吸菸等多種與食物因素均可影響LES功能，誘發GER。此外，妊娠期、口服含黃體酮避孕藥期和月經週期後期，血漿黃體酮水平增高，GER的發生率也相應增加。
2.食管酸廓清功能的障礙正常食管酸廓清功能包括食管排空和唾液中和兩部分。當酸性胃內容物反流時，只需1～2次(10～15秒)食管繼發性蠕動即可排空幾乎所有的反流物。殘留於食管黏膜陷窩內的少量酸液則可被唾液(正常人每小時有1000～1500ml，pH為6～8的唾液經食管入胃)中和。食管酸廓清的功能在於減少食管黏膜浸泡於胃酸中的時限，故有防止反流食管炎的作用。夜間睡眠時唾液分泌幾乎停止，食管繼發性蠕動亦罕見有發生，夜間的食管酸廓清明顯延遲，故夜間GER的危害更為嚴重。
3.食管黏膜抗反流屏障功能的損害當防禦屏障受損傷時，即使在正常反流情況下亦可致食管炎。研究發現，食管上皮細胞增生和修復能力的削弱是反流性食管炎產生的重要原因之一。
