1、一般和對症治療。按呼吸道隔離。保持空氣清新，注意營養及良好護理。避免刺激、哭泣而誘發痙咳。嬰幼兒痙咳時可採取頭低位，輕拍背。咳嗽較重者睡前可用冬眠靈或非那根頓服，有利睡眠，減少陣咳。也可用鹽酸普魯卡因3-5mg/kg/次，加入葡萄糖30-50ml中靜滴，1-2次/日，連用3-5天，有解痙作用。維生素K1也可減輕痙咳。
患兒發生窒息時應及時做人工呼吸、吸痰和給氧。重者可適當加用鎮靜劑如苯巴比妥或安定等。痰稠者可給予祛痰劑或霧化吸入。重症嬰兒可給予腎上腺皮質激素以減輕炎症。
2、抗生素治療。卡他期4天內應用抗生素可減短咳嗽時間或阻斷痙咳的發生。4天后或痙咳期應用可縮短排菌期，預防繼發感染，但不能縮短病程。首選紅黴素30-50mg/kg/日，連用7-10天，也可用氯黴素(劑量同上)，或複方新諾明、氨苄青黴素等。
3、中醫藥治療。膽汁類製劑對百日咳桿菌有顯著的抑制作用。同時還有一定的鎮靜作用。可採用雞膽汁加白糖蒸服。半歲以內每日1/3個，半歲至1歲每日1/2個，1至3歲每日1個，直至痊癒。亦可用豬膽等代替。
