營養不良及維生素缺乏症
腹瀉病程較長，如禁食時間過久或長期熱量不足，常可引起營養不良和各種維生素缺乏症。消化不良與營養不良可互為因果，往往造成惡性循環，導致不良後果。維生素a缺乏可引起乾眼症及角膜軟化症;維生素d缺乏可引起手足抽搐症。
感染
常見有中耳炎、口角炎、上呼吸道感染、支氣管炎、肺炎、癤腫、敗血症、泌尿道感染及靜脈炎等。各種感染可能成為腹瀉的病因，但也有在腹瀉之後，由於全身抵抗力降低而繼發感染。遷延性腹瀉或原有營養不良病兒，容易併發真菌感染，如鵝口瘡、真菌性腸炎，甚至引起全身性真菌病。
中毒性肝炎
重型腹瀉可能出現黃疸，常見於營養不良及重症敗血症病兒，預後不良，故中毒性肝炎是腹瀉的嚴重併發症之一。
其他
如急性腎功能衰竭、瀰漫性血管內凝血、感染性休克、中毒性腦病等，如處理不當還可發生急性心力衰竭、高血鉀、中毒性腸麻痺、腸出血、腸套疊等，偶可見腸穿孔和腹膜炎。
