腹瀉除影響嬰幼兒對食物中營養物質的吸收外，還消耗體內儲存的營養物質，損害某些機體組織。這是因為在腹瀉過程中，本來應該消化吸收的營養物質不能進入機體，但機體內各器官還需照常進行各項生理功能。如長期慢性腹瀉就會造成營養不良，使患兒身體瘦弱，抵抗力降低，容易感染各種疾病。這不僅影響嬰幼兒的正常生長髮育，還會引起併發症。
常見的併發症有：
營養不良及維生素缺乏症
腹瀉病程較長，如禁食時間過久或長期熱量不足，常可引起營養不良和各種維生素缺乏症。消化不良與營養不良可互為因果，往往造成惡性循環，導致不良後果。維生素a缺乏可引起乾眼症及角膜軟化症;維生素d缺乏可引起手足抽搐症。
感染
常見有中耳炎、口角炎、上呼吸道感染、支氣管炎、肺炎、癤腫、敗血症、泌尿道感染及靜脈炎等。各種感染可能成為腹瀉的病因，但也有在腹瀉之後，由於全身抵抗力降低而繼發感染。遷延性腹瀉或原有營養不良病兒，容易併發真菌感染，如鵝口瘡、真菌性腸炎，甚至引起全身性真菌病。
中毒性肝炎
重型腹瀉可能出現黃疸，常見於營養不良及重症敗血症病兒，預後不良，故中毒性肝炎是腹瀉的嚴重併發症之一。
其他
如急性腎功能衰竭、瀰漫性血管內凝血、感染性休克、中毒性腦病等，如處理不當還可發生急性心力衰竭、高血鉀、中毒性腸麻痺、腸出血、腸套疊等，偶可見腸穿孔和腹膜炎。
嬰幼兒腹瀉的預後與病兒的體質、病因、治療時機和治療方法有關。
(1)體質因素
體質衰弱(重症營養不良和佝僂病)的病兒，由於機體代謝調節功能較差，抵抗力低下，容易發生各種併發症，使腹瀉遷延不愈，預後較差。新生兒、早產兒病情易於迅速惡化，預後也較差。
(2)病因
耐藥性致病性大腸桿菌或其他耐藥細菌感染預後較差，繼發二重感染者如真菌、金黃色葡萄球菌感染等預後也差。
(3)治療時機
輕型腹瀉若未及時治療，導致病情嚴重，遷延日久，預後較差。
(4)治療不當
未進行調整和適當限制飲食，減少胃腸道負擔;未及時控制腸道內外感染以及糾正水與電解質紊亂和加強護理，導致各種併發症發生，影響預後。此外，濫用廣譜抗生素，引起菌群失調和二重感染，可加重消化功能紊亂，如不及時停藥，遷延不愈者預後差。
對於嬰幼兒腹瀉，如果沒有及時治療，會對寶寶的身體造成很大傷害，所以父母們應該要及時發現寶寶腹瀉的各種症狀並及時治療。
