腹瀉除影響嬰幼兒對食物中營養物質的吸收外，還消耗體內儲存的營養物質，損害某些機體組織。這是因為在腹瀉過程中，本來應該消化吸收的營養物質不能進入機體，但機體內各器官還需照常進行各項生理功能。如長期慢性腹瀉就會造成營養不良，使患兒身體瘦弱，抵抗力降低，容易感染各種疾病。這不僅影響嬰幼兒的正常生長髮育，還會引起併發症。常見的併發症有：
(1) 營養不良及維生素缺乏症：腹瀉病程較長，如禁食時間過久或長期熱量不足，常可引起營養不良和各種維生素缺乏症。消化不良與營養不良可互為因果，往往造成惡性循環，導致不良後果。維生素A缺乏可引起乾眼症及角膜軟化症;維生素D缺乏可引起手足抽搐症。
(2)感染：常見有中耳炎、口角炎、上呼吸道感染、支氣管炎、肺炎、癤腫、敗血症、泌尿道感染及靜脈炎等。各種感染可能成為腹瀉的病因，但也有在腹瀉之後，由於全身抵抗力降低而繼發感染。遷延性腹瀉或原有營養不良病兒，容易併發真菌感染，如鵝口瘡、真菌性腸炎，甚至引起全身性真菌病。
(3)中毒性肝炎：重型腹瀉可能出現黃疸，常見於營養不良及重症敗血症病兒，預後不良，故中毒性肝炎是腹瀉的嚴重併發症之一。
(4)其他：如急性腎功能衰竭、瀰漫性血管內凝血、感染性休克、中毒性腦病等，如處理不當還可發生急性心力衰竭、高血鉀、中毒性腸麻痺、腸出血、腸套疊等，偶可見腸穿孔和腹膜炎。
